فى إطار حرص القوات المسلحة على الإرتقاء بالمنظومة التعليمية داخل الكليات والمعاهد العسكرية ، حصلت كلية الطب بالقوات المسلحة على شهادة الأيزو ( ٢١٠٠١ ) لسنة ٢٠١٨ نظام إدارة الموسسات التعليمية الخاص بمراجعة كافة العمليات المتعلقة بجودة العملية التعليمية ، كما حصلت على شهادة الأيزو ( ٢٢٠٠٠ ) لسنة ٢٠١٨ نظام إدارة سلامة الأغذية الخاص بمراجعة جميع العمليات الخاصة بتصنيع الأغذية طبقاً لمعايير ومتطلبات مواصفة الأيزو الدولية .
وفى ذات السياق قامت الكلية بتجديد شهادات الأيزو التى سبق الحصول عليها وهى الأيزو ( ٩٠٠١ ) لسنة ٢٠١٥ نظام إدارة الجودة والأيزو ( ١٤٠٠١ ) لسنة ٢٠١٥ نظام إدارة البيئة والأيزو ( ٤٥٠٠١ ) لسنة ٢٠١٨ نظام إدارة السلامة والصحة المهنية .
وأكد اللواء طبيب / أيمن محمد شوقي مدير كلية الطب بالقوات المسلحة حرص القيادة العامة للقوات المسلحة على توفير الإمكانات لتطوير المنظومة التعليمية والبحثية داخل الكلية بما يمكنها من آداء مهامها فى تخريج أجيال من الضباط الأطباء فى كافة التخصصات تحقيقاً لرؤية مصر ٢٠٣٠ بتقديم تعليم ذو جودة متميزة فى مختلف التخصصات الطبية ومواكبة كل ماهو جديد فى علوم الطب الحديثة .